Theo các chuyên gia, nông nghiệp là lĩnh vực nhận được nhiều ưu đãi thuế nhất hiện nay, song đây cũng là nơi dễ xảy ra nhầm lẫn nhất trong khâu kê khai và nộp thuế. Trong khi đó, HTX và tổ hợp tác (THT) lại là những mô hình chủ đạo trong sản xuất nông nghiệp. Việc áp dụng đúng các quy định ưu đãi thuế không chỉ giúp tối ưu hóa chi phí sản xuất mà còn là "chìa khóa" đưa nông sản đi sâu vào chuỗi cung ứng hiện đại.

Phân định thuế suất nông sản

Thực tế cho thấy, hàng loạt vướng mắc từ khâu phân định thuế suất, hạch toán chi phí hợp lệ cho đến đăng ký hóa đơn điện tử vẫn đang làm đau đầu không ít lãnh đạo HTX.

Nhiều HTX hiện vẫn lúng túng khi xác định nghĩa vụ thuế đối với từng đối tượng khách hàng. Giám đốc HTX Tây Đô Xanh (Thanh Hóa) Lê Thanh Phú băn khoăn: Theo quy định, HTX khi bán nông sản chưa qua chế biến cho HTX khác và doanh nghiệp thì không phải chịu thuế GTGT, nhưng nếu bán cho hộ cá nhân kinh doanh thì có phải chịu thuế GTGT 5% hay không?

 Cùng chung thắc mắc, bà Dương Thị Thắng, đại diện HTX dược liệu và nông sản hữu cơ Mãn Đức (Phú Thọ), cũng chưa rõ trường hợp nào tính thuế GTGT 5%, trường hợp nào thuộc diện được miễn thuế nông sản.

Tại Tọa đàm "Luật thuế mới dành cho nông hộ, HTX & Doanh nghiệp nông nghiệp vừa và nhỏ", bà Nguyễn Thị Cúc, Chủ tịch Hội Tư vấn Thuế Việt Nam nhận định, bên cạnh chính sách miễn thuế sử dụng đất nông nghiệp cho thành viên HTX, Liên hiệp HTX (LHHTX), Nhà nước còn có nhiều chính sách ưu đãi về thuế GTGT và TNDN, nhưng không ít HTX vẫn chưa nắm rõ để áp dụng đúng.

Theo quy định tại Điều 5 Luật Thuế GTGT (đã được sửa đổi, bổ sung), HTX mua sản phẩm cây trồng, rừng trồng, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến thành sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường bán cho doanh nghiệp, HTX, LHHTX khác thì không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế GTGT đầu vào như điện, nước hay bao bì.

Phân tích kỹ hơn về quy định này, bà Lê Thị Duyên Hải, Phó Chủ tịch kiêm Tổng thư ký Hội Tư vấn thuế Việt Nam cho biết, một sản phẩm nông nghiệp khi bán ra có thể chịu các mức thuế hoàn toàn khác nhau tùy thuộc vào đối tượng người mua và công đoạn xử lý sau thu hoạch.

Cụ thể, đối với nông sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường như phơi, sấy, cấp đông hay làm sạch, nếu HTX bán cho HTX khác hoặc doanh nghiệp ở khâu kinh doanh thương mại thì thuộc đối tượng không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào. Ngược lại, nếu HTX bán sản phẩm đó cho hộ cá nhân kinh doanh hoặc thương lái bán lẻ thì lại phải áp dụng mức thuế suất GTGT 5%.

Đặc biệt, sự thay đổi bản chất sản phẩm sẽ quyết định nghĩa vụ thuế. Chẳng hạn, gà tươi của HTX sơ chế hoặc cấp đông nếu bán cho doanh nghiệp, HTX khác thì không phải kê khai thuế GTGT, bán cho cá nhân hay hộ kinh doanh thì chịu thuế 5%. Tuy nhiên, nếu HTX đưa vào chế biến sâu thành sản phẩm ăn liền như gà hầm thuốc bắc hay gà ủ muối thì HTX đã trở thành đơn vị chế biến thực phẩm. Khi đó, sản phẩm không còn hưởng chính sách ưu đãi nông sản sơ chế mà chuyển sang nhóm thực phẩm chế biến chịu thuế suất GTGT  10%.

Hóa đơn điện tử và hạch toán chi phí hợp lệ

Một điểm nghẽn lớn khác đối với các HTX hiện nay là chứng minh chi phí đầu vào hợp lý để tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), nhất là chi phí nhân công thời vụ và dịch vụ thuê ngoài không có hóa đơn.

Bà Nguyễn Thị Hoa, Giám đốc một HTX nông nghiệp tại Phú Thọ chia sẻ, HTX làm dịch vụ mạ khay nhưng qua nghiên cứu quy định vẫn chưa thấy rõ có được miễn thuế GTGT và thuế TNDN hay không.

Theo các chuyên gia, dịch vụ mạ khay, làm đất hay gặt đập liên hợp là các dịch vụ kỹ thuật phục vụ trực tiếp sản xuất nông nghiệp, thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT và được miễn thuế TNDN. Do đó, HTX không phải tính thuế GTGT đầu ra nhưng vẫn phải kê khai và quản lý hóa đơn chứng từ theo quy định.

Đối với chi phí lao động thời vụ, HTX cần lập hợp đồng giao khoán công việc hoặc hợp đồng lao động thời vụ, kèm theo bảng kê thanh toán tiền công có chữ ký và thông tin CCCD của người lao động.

Bên cạnh đó, bà Lê Thị Duyên Hải nhấn mạnh, HTX là mô hình phải đăng ký kinh doanh và thực hiện thủ tục thuế tương tự như doanh nghiệp. Ngay từ khi thành lập, HTX bắt buộc phải đăng ký ngành nghề và áp dụng hóa đơn điện tử. Việc lập hóa đơn đầy đủ không chỉ để phục vụ cơ quan thuế mà còn là căn cứ pháp lý bảo vệ chính HTX và đối tác. Đặc biệt, từ năm 2026, chính sách bãi bỏ lệ phí môn bài sẽ chính thức có hiệu lực, giúp giảm bớt một phần chi phí hành chính cho khu vực kinh tế tập thể.

Đối với mô hình THT, đây không phải là pháp nhân độc lập, không có con dấu nên không đăng ký hóa đơn điện tử độc lập như HTX. THT khai thuế theo mô hình nhóm cá nhân kinh doanh, nộp thuế khoán hoặc theo tỷ lệ trên doanh thu. “Dù vậy, khi THT bán ra sản phẩm thuộc diện chịu thuế thì vẫn phải kê khai và nộp thuế theo đúng quy định”, bà Nguyễn Thị Thu Hà, Hội Tư vấn Thuế Việt Nam cho biết.

Về chính sách khuyến mãi và quà tặng, quy định thuế chỉ rõ, nông sản dùng để khuyến mãi kèm theo sản phẩm bán ra nếu thực hiện đúng quy định khuyến mãi thì không phải nộp thuế. Tuy nhiên, nếu HTX dùng nông sản làm quà biếu, tặng cho nhân viên hoặc thành viên vào dịp lễ Tết thì phần hàng hóa này vẫn phải kê khai, tính thuế GTGT và thuế TNDN theo giá thị trường tại thời điểm cho tặng.

Đánh giá về tầm quan trọng của tính minh bạch hóa đơn, chứng từ đối với chuỗi giá trị nông sản, ông Trần Mạnh Chiến, Sáng lập chuỗi cửa hàng thực phẩm sạch Bác Tôm nhấn mạnh, hiện nay hầu hết các siêu thị và chuỗi bán lẻ hiện đại đều siết chặt quản lý nguồn gốc xuất xứ. Bất kỳ sản phẩm nào, dù chỉ là mớ rau, khi đưa vào hệ thống phân phối hiện đại đều bắt buộc phải có đầy đủ hóa đơn, chứng từ minh bạch. Nếu HTX không nhanh chóng nắm bắt quy định về thuế và hóa đơn thì sẽ tự cắt đứt cơ hội đưa nông sản vào chuỗi giá trị cao.

Trong bối cảnh hệ thống bán lẻ và xuất khẩu ngày càng yêu cầu truy xuất nguồn gốc, việc tuân thủ quy định về thuế, hóa đơn và chứng từ không còn đơn thuần là nghĩa vụ pháp lý mà đã trở thành điều kiện để HTX nâng cao năng lực cạnh tranh và tham gia sâu hơn vào các chuỗi giá trị.

Huyền Trang