Nghịch lý là cùng một loại hồ sơ, cùng căn cứ pháp lý nhưng doanh nghiệp (DN) có thể nhận được cách xử lý thuế GTGT khác nhau giữa các địa phương. Sự thiếu thống nhất khiến họ khó dự liệu nghĩa vụ, thậm chí đối mặt nguy cơ bị truy thu hoặc chậm hoàn thuế dù đã thực hiện theo hướng dẫn.

Chính sách đổi, vướng mắc vẫn bủa vây

Thực tế, bất cập thể hiện rõ trong việc xác định thuế suất đối với dịch vụ cung cấp cho DN chế xuất (EPE). Ông Trần Văn Quân, Chủ tịch Công ty TNHH Tư vấn VNLAWS, cho biết DN gặp vướng mắc khi áp dụng thuế suất GTGT 0% đối với dịch vụ cung cấp trực tiếp tại EPE, phục vụ hoạt động sản xuất hàng xuất khẩu. Nguyên nhân là điều kiện hưởng thuế suất này chưa được hướng dẫn đủ rõ theo từng loại dịch vụ.

Không chỉ vướng ở khâu xác định thuế suất, sự thiếu rõ ràng còn thể hiện trong cách kê khai thuế GTGT. Theo ông Quân, chỉ tiêu điều chỉnh đầu vào có thể tập hợp nhiều khoản khác bản chất. Trong đó, có hóa đơn bỏ sót ở kỳ trước, thuế đầu vào được điều chỉnh khi đáp ứng điều kiện thanh toán hoặc chứng từ thanh toán được bổ sung muộn.

Do các khoản điều chỉnh không được phân tách rõ, cơ quan thuế khó nhận diện nguồn gốc từng khoản, còn DN phải giải trình nhiều hơn khi hồ sơ được rà soát. Ông Quân đề xuất tách mã giao dịch hoặc bổ sung phụ lục để phân biệt từng trường hợp, qua đó giảm vướng mắc trong kê khai và hoàn thuế.

Chủ tịch VNLAWS cũng lưu ý cần làm rõ trường hợp DN chỉ phải nộp tờ khai mẫu 02/GTGT, không đồng thời nộp mẫu 01/GTGT. Quy định này đặc biệt cần thiết với DN đang trong giai đoạn đầu tư, chưa phát sinh hoạt động sản xuất kinh doanh.

Không chỉ gây khó khăn trong kê khai, những cách hiểu và áp dụng thiếu thống nhất còn khiến DN đối mặt rủi ro về dòng tiền. Ở ngành gỗ, ông Nguyễn Liêm, nguyên lãnh đạo Hiệp hội Chế biến gỗ Bình Dương (BIFA), Chủ tịch Công ty Lâm Việt, phản ánh hồ sơ nhập khẩu tương tự nhưng cách áp dụng thuế GTGT giữa các địa phương có thể khác nhau. Có DN đã nộp thuế 8% khi nhập khẩu nhưng gặp vướng mắc khi đề nghị hoàn lại, do hàng hóa được xác định thuộc đối tượng không chịu thuế.

Như băn khoăn của ông Liêm, DN vẫn lúng túng về cơ chế xử lý khoản thuế đã nộp, khiến vốn lưu động tiếp tục bị giam. Thủ tục chứng minh nguồn gốc gỗ nhập khẩu cũng vướng từ thẩm quyền cấp giấy tờ đến yêu cầu hợp pháp hóa lãnh sự. Hồ sơ chậm khiến hàng ùn lại, phát sinh thêm phí lưu container và lưu bãi.

Không riêng ngành gỗ, tình trạng thiếu hướng dẫn rõ ràng còn xuất hiện ở nhiều lĩnh vực khác. Với ngành thủy sản, vướng mắc tập trung ở cách xác định ranh giới giữa sơ chế và chế biến, dẫn đến cách hiểu chưa thống nhất khi áp dụng thuế GTGT. Trong hạ tuần tháng 10/2026, Cục Thuế (Bộ Tài chính) đã ban hành Công văn 7998/CT-QLNT trả lời kiến nghị của Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản Việt Nam (VASEP) về vấn đề này.

Công văn nêu rõ, từ ngày 1/1/2026, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường trong khâu kinh doanh thuộc diện không phải kê khai, tính nộp thuế nhưng được khấu trừ đầu vào. Tuy nhiên, ranh giới giữa sơ chế thông thường và chế biến thành sản phẩm khác vẫn phải căn cứ vào quy trình sản xuất thực tế, khiến DN còn lúng túng khi áp dụng.

Để giải quyết vướng mắc này, Cục Thuế cho biết Bộ Nông nghiệp và Môi trường có trách nhiệm hướng dẫn những trường hợp chưa rõ về quy trình sản xuất. VASEP kiến nghị xây dựng bảng tra cứu theo nhóm sản phẩm và công đoạn phổ biến, gồm tôm, cá, mực, nghêu cùng các dạng hàng tươi, đông lạnh, hấp, luộc. Có tiêu chí cụ thể, DN và cơ quan thuế mới có cùng căn cứ khi xuất hóa đơn, kê khai, khấu trừ và hoàn thuế.

Sửa quy định, chặn rủi ro từ khâu thực thi

Những trường hợp trên cho thấy nghịch lý không chỉ nằm ở nội dung chính sách mà còn xuất hiện trong cách hướng dẫn và kiểm tra. Trong tháng 10/2026, góp ý dự thảo sửa đổi Nghị định 181/2025/NĐ-CP, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) chỉ ra bất cập liên quan hàng hóa bán vào khu phi thuế quan.

Theo Điều 17 Nghị định 181/2025/NĐ-CP, hàng hóa phải được tiêu dùng trực tiếp phục vụ sản xuất hàng xuất khẩu mới đủ điều kiện hưởng thuế suất 0%. Tuy nhiên, hồ sơ theo Điều 18 chủ yếu gồm hợp đồng, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và tờ khai hải quan, chưa làm rõ tài liệu bên bán cần lưu để chứng minh mục đích sử dụng hàng hóa của bên mua.

VCCI cho rằng bên bán khó kiểm soát việc sử dụng hàng hóa sau khi bàn giao. Nếu DN chế xuất chuyển hàng vào thị trường nội địa, bên bán vẫn có nguy cơ bị truy thu hoặc xử phạt. Nghịch lý là DN có thể gánh rủi ro từ hành vi nằm ngoài khả năng kiểm soát. Vì vậy, cần xác định rõ chứng từ được chấp nhận và giới hạn trách nhiệm của từng bên.

Ở góc độ hoàn thiện chính sách, ông Quân đề xuất quy định rõ điều kiện hưởng thuế suất 0% theo từng nhóm dịch vụ, đồng thời chuẩn hóa yêu cầu về chứng từ và trách nhiệm của các bên. Quy định càng cụ thể, DN càng có cơ sở xác định nghĩa vụ và hạn chế rủi ro ngay khi giao dịch.

Một vướng mắc khác liên quan đến dịch vụ trung tâm dữ liệu, điện toán đám mây và trí tuệ nhân tạo (AI) cung cấp cho khách hàng nước ngoài. Dù có thể đáp ứng điều kiện tiêu dùng ở nước ngoài theo Luật Thuế GTGT năm 2024, việc hưởng thuế suất 0% còn phụ thuộc vào phân loại dịch vụ và quy định loại trừ tại Nghị định 181.

Bất cập này không chỉ làm tăng nghĩa vụ thuế mà còn ảnh hưởng trực tiếp đến khả năng cạnh tranh của các DN. Theo VCCI, khách hàng nước ngoài thường không được khấu trừ thuế GTGT đã nộp tại Việt Nam, khiến mức thuế 10% trở thành chi phí. Vì vậy, giá dịch vụ của DN đặt hạ tầng tại Việt Nam có thể cao hơn khoảng 10% so với nhà cung cấp trong khu vực.

Thực tế này cho thấy cần có hướng dẫn rõ ràng hơn để DN chủ động xác định nghĩa vụ thuế và hạn chế bất lợi trong cạnh tranh. Theo ông Quân, cơ quan quản lý cần phân nhóm hàng hóa, dịch vụ và tình huống phát sinh để hướng dẫn cụ thể. Các tiêu chí về nơi tiêu dùng, mục đích sử dụng, điều kiện thanh toán và chứng từ phải đủ rõ để DN xác định nghĩa vụ ngay khi giao dịch.

Cơ quan thuế cần thống nhất hướng dẫn, làm rõ cách kê khai thuế GTGT và phối hợp liên ngành để tránh đẩy rủi ro sang DN. Hai tháng cuối năm, mỗi khoản thuế bị treo đều bào mòn dòng tiền và sức cạnh tranh. Chính sách chỉ thực sự tháo gỡ khó khăn khi DN có thể làm đúng ngay từ đầu, thay vì tiếp tục gánh rủi ro vì cách hiểu khác nhau.

Thế Vinh