Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 26/11/2024. Tuy nhiên, trong quá trình chuẩn bị thực thi, cộng đồng doanh nghiệp và Bộ Nông nghiệp và Môi trường đã phản ánh nhiều bất cập nghiêm trọng, đặc biệt là quy định doanh nghiệp phải nộp thuế GTGT 5% đầu vào đối với nông sản mua bán ở khâu thương mại.

Cơ chế "thu trước, hoàn sau" đối với các mặt hàng chủ lực xuất khẩu (như cà phê, hồ tiêu, cá da trơn...) đang gây lãng phí thời gian và làm đọng vốn lớn. Theo ước tính, chỉ riêng trong 6 tháng cuối năm 2025, số thuế GTGT 5% mà các doanh nghiệp phải ứng trước rất lớn: Hiệp hội Cà phê – Ca cao Việt Nam khoảng 5.000 tỷ đồng, Hiệp hội Hồ tiêu và cây gia vị khoảng 2.162 tỷ đồng và Hiệp hội Lương thực khoảng 2.016 tỷ đồng.

Điều này tạo gánh nặng tài chính khổng lồ trong bối cảnh các tổ chức tín dụng thường không giải ngân phần vốn cho thuế, làm giảm hiệu quả kinh doanh. Đồng thời, quy định hiện hành vô tình tạo ra sự phân biệt đối xử: trong khi nông sản, thủy sản trong nước phải chịu thuế thì hàng nhập khẩu lại được miễn, làm giảm sức cạnh tranh của hàng nội địa.

Bên cạnh đó, lĩnh vực thức ăn chăn nuôi cũng gặp khó. Do thuộc đối tượng "không chịu thuế", doanh nghiệp không được khấu trừ hay hoàn thuế GTGT đầu vào, dẫn đến chi phí sản xuất tăng, đẩy giá thành lên cao, ảnh hưởng trực tiếp đến người chăn nuôi và lép vế trước thức ăn chăn nuôi nhập khẩu (không phải chịu thuế GTGT).

Một "nút thắt" khác khiến doanh nghiệp lo ngại là quy định về điều kiện hoàn thuế: Người mua chỉ được hoàn thuế khi người bán đã kê khai, nộp thuế.

Quy định này bị đánh giá là chưa phù hợp với nguyên tắc trách nhiệm độc lập giữa các chủ thể kinh doanh. Doanh nghiệp mua hàng không có công cụ pháp lý hay kỹ thuật để kiểm soát tính tuân thủ thuế của đối tác. Thực tế này dẫn đến rủi ro lớn: doanh nghiệp xuất khẩu dù làm đúng quy định vẫn bị chậm, thậm chí không được hoàn thuế nếu phía người bán chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế, gây ách tắc dòng tiền.

Trước tình hình trên, cộng thêm bối cảnh thiên tai, bão lũ gây thiệt hại nặng nề cho ngành nông nghiệp, Bộ Tài chính gửi Quốc hội về dự án Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế GTGT.

Dự thảo tập trung vào 3 giải pháp tháo gỡ chính. Thứ nhất là tái áp dụng cơ chế "Không kê khai, tính nộp thuế GTGT". Cụ thể, đối với sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thủy sản chưa chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường ở khâu thương mại, doanh nghiệp sẽ không phải nộp thuế đầu ra nhưng vẫn được khấu trừ thuế đầu vào. Quy định này giúp doanh nghiệp không phải ứng vốn nộp 5% thuế rồi chờ hoàn, giải quyết triệt để bài toán đọng vốn.

Thứ hai là gỡ khó cho thức ăn chăn nuôi: Sửa đổi chính sách thuế đối với các sản phẩm nông, lâm, thủy sản làm thức ăn chăn nuôi. Việc không phải trả thuế GTGT 5% đầu vào sẽ giúp giảm chi phí sản xuất, tăng khả năng cạnh tranh với hàng nhập khẩu.

Thứ ba là bỏ điều kiện "người bán phải nộp thuế mới hoàn cho người mua": Việc bãi bỏ quy định này nhằm đảm bảo công bằng, rút ngắn thời gian và giảm rủi ro cho doanh nghiệp khi thực hiện thủ tục hoàn thuế.

Những đề xuất sửa đổi này được kỳ vọng sẽ kịp thời tháo gỡ khó khăn, hỗ trợ doanh nghiệp nông nghiệp phục hồi sau thiên tai và nâng cao năng lực cạnh tranh trên thị trường quốc tế.

Thanh Hoa