Đây là kết luận của Kiểm toán Nhà nước (KTNN) tại cuộc kiểm toán “Việc quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công năm 2017 tại Tổng cục Thuế (TCT) và Chuyên đề công tác quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng tại Tổng cục Thuế và 19 tỉnh, thành phố”.

Đáng chú ý trong thông báo kết quả kiểm toán gửi Tổng cục trưởng Tổng cục Thuế, KTNN đã chỉ ra nhiều sai phạm của ngành thuế như: Chưa ưu tiên lập đủ vốn cho 27 dự án đã hoàn thành đưa vào sử dụng trước 31/12/2016, dẫn đến trong năm phải phê duyệt bổ sung gần 36 tỷ đồng, trong đó có 06 dự án được phê duyệt quyết toán trước năm 2015 với số vốn còn nợ 2,7 tỷ đồng; lập chưa phù hợp với nhu cầu, vượt tổng mức đầu tư của 01 dự án; vượt giá trị quyết toán đã duyệt và quyết toán A-B của 30 dự án với số tiền gần 28,3 tỷ đồng.

Công tác phân bổ vốn đầu tư từ nguồn NSNN của Bộ Tài chính cho Tổng cục Thuế còn chậm; tỷ lệ giải ngân vốn XDCB đạt thấp, hầu hết các chủ đầu tư không giải ngân hết kế hoạch, cá biệt có 26 chủ đầu tư giải ngân vốn dư năm 2016 dưới 50% và 7 chủ đầu tư giải ngân vốn năm 2017 dưới 50%; nhiều dự án, công trình giải ngân thấp, thậm chí có 89 dự án không giải ngân; 19/30 dự án bố trí vốn thừa so với giá trị quyết toán nhưng vẫn kéo dài sang năm 2018 số tiền gần 12,7 tỷ đồng; 28/32 dự án phê duyệt mới và 07/26 dự án phê duyệt điều chỉnh có thời gian thực hiện và tổng mức đầu tư chưa phù hợp với quy hoạch.

Kết quả kiểm toán chi tiết 20 dự án cho thấy hầu hết các dự án, nội dung thuyết minh đầu tư và quyết định đầu tư chưa đầy đủ; 04 dự án phê duyệt hình thức quản lý dự án “Chủ đầu tư trực tiếp quản lý dự án” khi Giám đốc Ban quản lý dự án không đủ điều kiện năng lực quản lý dự án; một số chủ đầu tư chưa đăng tải đầy đủ thông tin về kết quả lựa chọn nhà thầu, kế hoạch đấu thầu chưa đầy đủ về thời gian, tiến độ thực hiện, phê duyệt hình thức chỉ định thầu không đúng…; 09 dự án chậm tiến độ so với quyết định đầu tư, phải gia hạn; hầu hết các gói thầu đều chậm so với cam kết hợp đồng song các bên có liên quan chưa xác định rõ nguyên nhân và trách nhiệm để xử lý theo quy định.

Một số quỹ còn tồn từ nhiều năm trước như quỹ chống buôn lậu, gian lận thương mại, quỹ chống thất thu NSNN và một số quỹ khác đơn vị không sử dụng, không còn nội dung chi số tiền 44,5 tỷ đồng song chưa kịp thời nộp NSNN; một số nhiệm vụ chi sửa chữa, mua sắm tài sản theo kế hoạch năm 2017 đã hết nhiệm vụ chi và không thuộc nội dung được tiết kiệm thường xuyên theo quy định, đơn vị chưa kịp thời đề nghị hủy dự toán số tiền trên 12,3 tỷ đồng.

Trong công tác quản lý, sử dụng tài sản, Tổng cục Thuế chưa có phương án xử lý kịp thời đối với tài sản dôi dư hoặc hỏng không sử dụng được. Công nợ cuối năm còn tồn đọng nhiều, có những khoản nợ kéo dài nhiều năm… chưa được giải quyết triệt để.

Trong công tác hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) năm 2017 cũng đã bộc lộ những tồn tại, hạn chế: Một số Cục Thuế lập dự toán chưa sát thực tế địa bàn, dẫn đến số thực hiện hoàn trong năm đạt thấp hoặc cao hơn số lập; công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đối với các trường hợp có rủi ro cao phải thực hiện thanh tra, kiểm tra ngay trong thời hạn 01 năm sau hoàn thuế chưa được thực hiện đầy đủ theo quy định, thậm chí có Cục Thuế không thực hiện…; một số Cục Thuế chậm ban hành quyết định hoàn thuế…

Báo cáo kiểm toán cũng chỉ rõ một số trường hợp hoàn cho một số trường hợp không đúng đối tượng, không đáp ứng đủ điều kiện, hoàn cho những hóa đơn, chứng từ không hợp lệ, hoàn cho chi phí vượt định mức quy định hoặc không phục vụ cho dự án đầu tư; hoàn cho một số hồ sơ đề nghị hoàn khi chưa đủ cơ sở để xác nhận điều kiện hoàn thuế; hoàn cho dự án BT không hình thành tài sản của nhà đầu tư; hoàn vượt 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ... với tổng số tiền trên 1.396 tỷ đồng.

Công tác ban hành chính sách hoàn thuế GTGT còn chưa đồng bộ giữa Luật, nghị định và thông tư hướng dẫn; một số văn bản hướng dẫn chưa rõ ràng, dẫn tới nhiều cách hiểu khác nhau, thậm chí còn hướng dẫn chưa phù hợp với quy định; một số văn bản trả lời Người nộp thuế còn chung chung, chưa rõ ràng, chủ yếu là trích lại các nội dung của Nghị định, Thông tư đã ban hành... gây ảnh hưởng không nhỏ đến công tác hoàn thuế của cơ quan thuế và Người nộp thuế.

Thanh Hoa