Thông tin trên vừa được Kiểm toán Nhà nước (KTNN) báo cáo tại Kỳ họp thứ 9, Quốc hội khoá XIV đang diễn ra.

Kết quả kiểm toán, KTNN xác định số phải nộp NSNN tăng thêm 8.151 tỷ đồng. Trong đó, qua đối chiếu thuế, KTNN đã kiến nghị nộp NSNN tăng 861 tỷ đồng tại 1.778 doanh nghiệp.

Ngoài ra, tỷ lệ để lại đối với một số phí, lệ phí không phù hợp so với nhu cầu sử dụng dẫn đến cuối năm 2018 kinh phí tồn không có nhiệm vụ chi còn lớn làm giảm hiệu quả sử dụng nguồn lực.

Liên quan đến công tác quản lý thu, chống thất thu thuế tại một số cơ quan thuế, KTNN cho biết còn tình trạng miễn giảm tiền thuê đất như tỉnh Thái Bình, Quảng Nam, Quảng Ngãi và tình trạng ưu đãi thuế TNDN đối với một số dự án chưa đáp ứng đầy đủ điều kiện ưu đãi như ở tỉnh Đồng Nai.

Ngoài ra, một số cuộc thanh tra, kiểm tra xử lý kết quả thanh, kiểm tra không phù hợp quy định về xử phạt vi phạm hành chính về thuế.

Cụ thể trường hợp ở Tỉnh An Giang không xác định rõ hành vi vi phạm và tình tiết tăng nặng giảm nhẹ, nhưng tính truy thu thuế, xử phạt đối với hành vi khai sai và tính tiền chậm nộp chưa đúng quy định.

“Kết quả kiểm tra chưa phát sinh số thuế phải nộp nhưng xử phạt đối với hành vi khai sai hoặc là hành vi khai sai nhưng xử phạt đối với hành vi trốn thuế chưa đúng quy định”, KTNN chỉ rõ.

Tại Đắk Lắk, xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với khoản truy thu phí BVMT chưa phù hợp quy định tại Điều 1 Nghị định 129/2013/NĐ-CP). Còn Phú Yên xử phạt vi phạm hành chính về thuế đối với khoản truy thu phí bảo vệ môi trường chưa phù hợp quy định tại Điều 1 Nghị định 129/2013/NĐ-CP.

Trong lĩnh vực quản lý thu thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu năm 2018 tại Tổng cục Hải quan, KTNN cũng phát hiện một số sai phạm.

Đơn cử, kết quả kiểm toán cho thấy, có tình trạng người nộp thuế khai báo hàng hóa có tên khai báo giống hệt nhau nhưng đang được áp các mã mô tả và mã hóa hàng hóa khác nhau. Thống kê có tới 1,7 triệu dòng hàng gặp phải tình trạng này.

Ngoài ra, một số Cục Hải quan áp dụng thuế suất thuế GTGT đối với thiết bị, dụng cụ chuyên dùng cho y tế và vật tư hoá chất xét nghiệm, diệt khuẩn dùng trong y tế không thống nhất giữa Bộ Tài chính và Bộ Y tế.

“Việc chấp hành các quy định về thực hiện quy trình thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất nhập khẩu tại một số Cục Hải quan còn hạn chế. Chẳng hạn, chưa thực hiện xử phạt đối với 46 doanh nghiệp chưa nộp 69 báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa miễn thuế theo quy định (Cục Hải quan Bà Rịa - Vũng Tàu, Bình Phước, Đồng Nai, Long An, Tây Ninh, Hà Nam Ninh, Thanh Hóa, Hải Phòng, Huế, Quảng Nam).

Ngoài ra, có 16 doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu sản xuất so với sản phẩm xuất khẩu chênh lệch lớn về đơn vị tính, trị giá tính thuế nhưng chưa được làm rõ, thế nhưng Cục Hải quan Quảng Ninh không có văn bản báo cáo cơ quan cấp trên để khắc phục”, báo cáo của KTNN.

Kết quả kiểm toán cũng cho thấy, Bộ Tài chính chưa quy định và hướng dẫn cụ thể về việc sử dụng cơ sở dữ liệu trị giá hàng hóa để phát hiện các trường hợp khai báo trị giá hải quan quá cao với mục đích chuyển giá, đặc biệt tại thời điểm đăng ký danh mục miễn thuế nhập khẩu tạo tài sản cố định các dự án đầu tư. Kết quả, KTNN đã kiến nghị nộp NSNN tăng thêm 106 tỷ đồng.

Thanh Hoa