Sau hơn 3 tháng áp dụng Luật Thuế Giá trị gia tăng (GTGT) số 48 và các văn bản hướng dẫn thi hành, Liên đoàn Thương mại và Công nghiệp Việt Nam (VCCI) cho biết đã tiếp nhận nhiều phản ánh từ các hiệp hội ngành hàng chủ lực như thuỷ sản, cà phê – ca cao, hồ tiêu và cây gia vị, chăn nuôi, lương thực thực phẩm, gỗ và lâm sản về những vướng mắc lớn đang phát sinh trên thực tế.

Theo đó, chính sách thuế GTGT mới đang tạo ra những rào cản chưa từng có, ảnh hưởng nghiêm trọng đến dòng tiền và sức cạnh tranh của hàng Việt trên thị trường quốc tế.

Cụ thể, các doanh nghiệp cho rằng quy định các sản phẩm nông, lâm, thủy sản “chỉ qua sơ chế thông thường” như cà phê, tiêu, tôm, cá... bị áp thuế suất GTGT 5%, không phản ánh đúng bản chất của thuế GTGT, bởi các công đoạn như bóc vỏ, phơi sấy gần như không tạo ra giá trị tăng thêm. Việc áp thuế 5% khiến doanh nghiệp phải nộp thuế trên toàn bộ giá trị hàng hóa, chứ không phải phần GTGT, dẫn đến tác động nặng nề về dòng tiền.

Đặc biệt, cơ chế “thu trước – hoàn sau” khiến doanh nghiệp, vốn chỉ có biên lợi nhuận 1–3%, phải ứng trước nguồn vốn khổng lồ. Ngành cà phê ước tính phải tạm nộp khoảng 10.000 tỷ đồng mỗi năm, còn ngành hồ tiêu gánh tới 85 triệu USD.

Điều này làm cạn kiệt dòng tiền, đẩy giá thành xuất khẩu tăng và làm mất lợi thế cạnh tranh của nông sản Việt Nam trước các đối thủ như Brazil, Indonesia, Ấn Độ – những nước áp thuế 0% hoặc miễn thuế cho mặt hàng tương tự.

Cũng theo VCCI, hiện nay, phần lớn nguyên liệu đầu vào trong ngành nông nghiệp đến từ các hộ nông dân nhỏ lẻ, những người này không có chức năng phát hành hóa đơn GTGT.

​Điều này gây khó khăn cho doanh nghiệp trong việc chứng minh nguồn gốc hợp lệ để được khấu trừ hoặc hoàn thuế. VCCI cho rằng yêu cầu truy xuất nguồn gốc đến từng hộ dân là không khả thi.

Đối với ngành thức ăn, dù không chịu thuế GTGT, nhiều cục thuế địa phương lại áp thuế 5% cho nguyên liệu đầu vào như ngô, cám gạo, bột cá ở khâu thương mại. Cách hiểu thiếu thống nhất này đã đẩy chi phí sản xuất tăng cao, làm giảm khả năng cạnh tranh của thức ăn chăn nuôi nội địa so với hàng nhập khẩu miễn thuế, đồng thời làm giảm sức tiêu thụ nông sản trong nước.

Theo VCCI, quy trình hoàn thuế GTGT hiện nay đang trở thành “cửa ải” đầy rủi ro. Nhiều doanh nghiệp phản ánh thời gian xử lý kéo dài nhiều tháng, thậm chí bị từ chối hoàn thuế vì các lý do nằm ngoài khả năng kiểm soát. Đáng chú ý, quy định yêu cầu bên bán phải kê khai và nộp thuế thì bên mua mới được hoàn thuế bị đánh giá là bất hợp lý, bởi điều này chuyển trách nhiệm của nhà cung cấp sang doanh nghiệp “ngay tình” – những đơn vị đã hoàn thành đầy đủ nghĩa vụ của mình.

Ngoài ra, mức khống chế hoàn thuế không vượt quá 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ cũng gây khó khăn lớn cho các ngành có tính mùa vụ cao như nông sản, khi doanh nghiệp thường thu mua tập trung đầu vụ nhưng xuất khẩu dàn trải.

Nhiều doanh nghiệp bị truy thu thuế và chịu trách nhiệm liên đới khi nhà cung cấp gian lận hóa đơn, dù họ đã thanh toán hợp pháp và có đầy đủ chứng từ. Tình trạng này đe dọa uy tín quốc tế của doanh nghiệp Việt Nam, nhất là khi thị trường EU siết chặt quy định minh bạch chuỗi cung ứng (EUDR). Cùng với đó, mức phạt hành chính 5–8 triệu đồng cho các sai sót nhỏ mang tính kỹ thuật được cho là gây áp lực không cần thiết, đặc biệt với doanh nghiệp nhỏ và hộ kinh doanh mới chuyển đổi.

Trước những vướng mắc trên, đại diện cộng đồng doanh nghiệp đề xuất cần khẩn trương rà soát, sửa đổi các quy định liên quan đến phạm vi chịu thuế GTGT đối với các sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến hoặc chỉ sơ chế thông thường.

VCCI đề nghị xem xét khôi phục (hoặc khôi phục có thời hạn) quy định “không phải kê khai, tính thuế” đối với các sản phẩm nông nghiệp sơ chế như đã từng được áp dụng tại Nghị định 209.

Kiến nghị Chính phủ giao Bộ Nông nghiệp và Môi trường chủ trì phối hợp với các Bộ, ngành liên quan ban hành danh mục cụ thể các loại “sản phẩm sơ chế thông thường” cho từng ngành hàng, nhằm bảo đảm tính thống nhất trong cách hiểu và áp dụng giữa các địa phương.

Thanh Hoa