Công tác quản lý chất lượng và đảm bảo an toàn vệ sinh nông lâm thủy sản thời gian qua mới chỉ dừng ở mức kiềm chế, chưa tạo sự chuyển biến trên thực tế. Việc xử lý còn mang tính sự vụ chưa quyết liệt và đồng bộ. Thực tế có không ít nguy cơ về ATTP đối với người tiêu dùng khi tình trạng giết mổ nhỏ lẻ, vi phạm ATTP còn phổ biến hay tình trạng sử dụng kháng sinh, chất cấm trong chăn nuôi, nuôi trồng thủy sản vẫn còn; rồi việc lạm dụng thuốc BVTV, nhiều cơ sở xếp loại C được tái kiểm vẫn vi phạm mà chưa có cách xử lý triệt để.