Riêng Bộ Tài chính, tất cả các quy trình thủ tục hải quan đã kết nối Cơ chế một cửa quốc gia với 99,65% DN tham gia thực hiện tại 100% các đơn vị hải quan trên phạm vi toàn quốc.

Tuy nhiên, lãnh đạo Bộ Tài chính cũng thừa nhận kết quả triển khai Cơ chế một cửa quốc gia còn khiêm tốn so với mục tiêu đề ra (đạt 53/283 thủ tục). Trong lĩnh vực kiểm tra chuyên ngành, số lượng hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành còn chiếm tỷ trọng lớn (trong năm 2017, số lô hàng bị kiểm tra chuyên ngành so với tổng số lô hàng xuất nhập khẩu chiếm khoảng 19,4%); hiệu lực hiệu quả kiểm tra chuyên ngành còn thấp, còn nhiều chồng chéo và trùng lặp; phí kiểm tra một số mặt hàng xuất nhập khẩu vẫn còn cao…

Theo phản ánh của các DN và cơ quan khảo sát độc lập, khi thực hiện một số thủ tục thông qua Cơ chế một cửa quốc gia, bên cạnh việc gửi hồ sơ điện tử, tình trạng các DN được yêu cầu phải xuất trình hồ sơ, chứng từ giấy còn diễn ra khá phổ biến. Số lượng hàng hóa phải kiểm tra chuyên ngành còn chiếm tỷ trọng lớn, các văn bản quy phạm pháp luật quy định về quản lý và kiểm tra chuyên ngành nhiều, phạm vi quản lý và kiểm tra rộng, chồng chéo, nhiều mặt hàng chưa có mã số HS, việc sửa đổi các văn bản quy phạm pháp luật chậm...

Dự kiến đến cuối năm 2018 sẽ triển khai thêm 143 thủ tục trên Cơ chế một cửa quốc gia, nâng tổng số lên 196 thủ tục, đạt 78% của 251 thủ tục sẽ được triển khai đến năm 2020 theo rà soát mới nhất của các Bộ ngành.

Đức Nguyễn