Trong những năm qua, dù đã được sự quan tâm hỗ trợ của nhà nước, chính quyền địa phương, Liên minh HTX Việt Nam và sự chủ động vươn lên, tuy nhiên trên thực tế, hoạt động của một số HTX còn gặp phải những khó khăn, thách thức và cần được tháo gỡ kịp thời để HTX có thể hoạt động hiệu quả.