Càng cứng nhắc thủ tục thuế càng làm doanh nghiệp điêu đứng

Sau phản ánh mới đây của VnBusiness về vướng mắc trong thanh, kiểm tra thuế của các doanh nghiệp (DN) chế biến thủy sản ở tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu, vào trung tuần tháng 10/2024, Hiệp hội Chế biến và Xuất khẩu thủy sản (Vasep) đã có văn bản gửi đến Tổng cục Thuế, Bộ Tài chính và Hội đồng Tư vấn cải cách thủ tục hành chính của Thủ tướng để báo cáo, kiến nghị giải quyết bất cập, vướng mắc về thuế này.

Câu chuyện thanh kiểm tra 8 năm về trước

Trong đó, Vasep chỉ rõ khả năng các DN chế biến sẽ phải đóng thêm khoản thuế Thu nhập DN và phạt chậm nộp khoảng bằng 40% chi phí nguyên liệu. Điều này có nguy cơ dẫn đến các DN chế biến thủy sản rơi vào tình trạng vô cùng khó khăn.

Điều mong mỏi của các DN chế biến nông sản là khâu thủ tục, quản lý thuế cần hợp lý, bớt cứng nhắc hơn.

Ngoài ra, Vasep kiến nghị ngành thuế cần tăng cường thanh, kiểm tra việc hoàn thuế Giá trị gia tăng (VAT) cho các DN xuất khẩu trong khoảng 3 năm. Vì nếu để đến 7-8 năm là quá dài với rất nhiều sự đổi thay về cơ chế chính sách của Nhà nước cũng như nhân sự của DN và công việc, đời sống của ngư dân.

Bất cập này có thể thấy rõ khi gần đây Cục Thuế tỉnh Bà Rịa - Vũng Tàu tổ chức thanh, kiểm tra thuế cho giai đoạn 2016-2017 tại một số DN chế biến thuỷ sản xuất khẩu trên trên địa bàn tỉnh và phát hiện việc kê khai một số tàu thuyền đánh bắt hải sản chưa có giấy phép khai thác. Cục Thuế đã loại tất cả chi phí thu mua nguyên liệu từ những tàu thuyền này vì xem đó là chi phí không hợp lý, hợp lệ.

Hậu quả là các DN chế biến thủy sản bị truy thu thuế Thu nhập DN 20% trên toàn bộ chi phí nguyên liệu đầu vào mua từ các tàu cá này và bị phạt chậm nộp (tính từ năm 2016-2017 đến nay) cũng tương đương 20%.

Điều đáng nói, theo phản ánh của DN, vào giai đoạn 2016-2017, phần lớn các cơ sở thu mua (nậu vựa) đã đăng ký giấy phép kinh doanh thì có xuất hóa đơn tài chính cho DN, nhưng vẫn còn một số nậu vựa chưa đăng ký giấy phép kinh doanh nên không xuất được hóa đơn tài chính mà chỉ làm bảng kê mua bán theo mẫu 01/TNDN của Thông tư 96/2015/TT-BTC.

Hơn nữa, việc thanh kiểm tra cho giai đoạn 2016-2017 của Cục thuế - tức là đã 8 năm, nên có những tàu khai thác đã không còn hoạt động, hoặc chủ tàu đã chuyển nghề hay chuyển đi nơi khác sinh sống hoặc thậm chí đã chết.

Thêm vào đó ngư dân, chủ tàu là lao động chân tay, trình độ dân trí thấp, chủ yếu làm việc trên biển nên họ cũng không quen (hoặc không làm) việc ghi chép và lưu trữ chứng từ mua bán hải sản cho các DN. Do đó, bây giờ DN có đi gặp ngư dân để xác minh lại thông tin 8 năm trước (2016-2017) đã bán hải sản cho DN thì ngư dân cũng không thể nhớ để xác minh đúng và đầy đủ cho DN.

Chính vì vậy, phía Vasep đặt vấn đề việc Cục Thuế địa phương thực hiện thanh, kiểm tra đồng thời các giấy tờ (giấy phép khai thác…) của tàu cá trong giai đoạn 8 năm trước (2016-2017) để quyết định chi phí nguyên liệu của DN là hợp lý hay không? Nhất khi mà các văn bản quy phạm pháp luật của ngành thuế cũng như mẫu 01/TNDN không có các quy định hoặc dẫn chiếu cụ thể tới các giấy tờ này.

Nguy cơ các khoản phạt, truy thu

Không chỉ với trường hợp nêu trên, những cứng nhắc, bất cập về mặt thủ tục, quản lý thuế vẫn còn là mối lo khiến cho DN, người nộp thuế phải điêu đứng.

Như phản ánh mới đây của Công ty Liên doanh Vũng Tàu Paradise, sau khi nhận quyết định cưỡng chế bằng biện pháp ngừng sử dụng hóa đơn vẫn hoạt động kinh doanh hạng mục sân golf và thu tiền mặt. Hàng tháng, công ty vẫn ghi nhận doanh thu và kê khai nộp thuế VAT, thuế tiêu thụ đặc biệt. Tuy nhiên, công ty không thực hiện sử dụng hóa đơn theo từng lần phát sinh đối với doanh thu từ hoạt động kinh doanh nêu trên.

Điều này dẫn tới việc cơ quan thuế tại địa phương đề xuất tiếp tục xử lý vi phạm hành chính đối với hành vi không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ cho người mua theo quy định tại Khoản 5 Điều 24 Nghị định số 125/2020/NĐ-CP với tình tiết tăng nặng.

Trước vấn đề như vậy, Tổng cục Thuế cho biết nếu xử phạt công ty về hành vi không lập hóa đơn khi công ty này đang trong trạng thái bị ngừng sử dụng hóa đơn là chưa thật sự phù hợp.

Hoặc theo phản ánh của một DN khi nộp tiền thuế trên eTax (ứng dụng Thuế điện tử) thì phải nộp thuế theo thứ tự thanh toán. Và phía công ty này phát sinh tiền chậm nộp thuế Thu nhập cá nhân (xếp thứ tự thanh toán ở số 1) trong khi công ty không hề chậm nộp thuế và đang giải trình với cơ quan thuế (cũng đã trình giấy nộp tiền đầy đủ cho cán bộ thuế nhưng vẫn chưa được xóa nợ thuế). Điều này dẫn đến các khoản thuế phải nộp tiếp theo công ty không thể nộp theo ID (mã định danh khoản phải nộp) mà phải tạm nộp.

Không riêng gì DN nêu trên, thời gian gần đây nhiều trường hợp người nộp thuế cũng hoang mang khi phát hiện bản thân bị nợ thuế trên ứng dụng eTax Mobile dù trước đó đã hoàn thành quyết toán. Thậm chí, có những trường hợp đứng trước nguy cơ các khoản phạt, truy thu thuế với số tiền “khủng”. Có DN còn thắc mắc việc kê khai trên trang web thuế điện tử khi vào mục Kê khai - Tra cứu tờ khai thì phải nhập ngày nộp Tờ khai giới hạn trong vòng một tháng là khá bất tiện.

Về việc này, Tổng cục Thuế cho rằng hiện nay hệ thống khai thuế điện tử đã được triển khai trên phạm vi toàn quốc, đáp ứng nhu cầu DN, tổ chức thực kê khai, nộp thuế, hoàn thuế, và tra cứu các thông tin về thuế qua phương thức điện tử. Tính đến nay có trên 942 nghìn DN tham gia sử dụng dịch vụ khai thuế điện tử. Số lượng hồ sơ khai thuế điện tử đã tiếp nhận chỉ riêng trong 9 tháng năm 2024 là trên 12.099.321 hồ sơ.

Tuy nhiên, trước vướng mắc trong khâu thủ tục và trong nền tảng eTax như đã phản ánh, điều mà các DN và người nộp thuế đang cần ở ngành thuế là nên điều chỉnh kịp thời, cải thiện tốt hơn nhằm đảm bảo quyền và lợi ích chính đáng cho họ.

Thế Vinh